Giới thiệu và trích dẫn

Bộ công cụ hỗ trợ đếm cho giải phẫu bệnh, chạy hoàn toàn trên máy người dùng.

← Công cụ GPB · English

Chỉ phục vụ mục đích tham khảo. Không dùng cho chẩn đoán. Bác sĩ giải phẫu bệnh đọc lại tiêu bản và chịu trách nhiệm về kết luận.

Mục đích sử dụng

Bộ công cụ hỗ trợ bác sĩ giải phẫu bệnh đếm trên ảnh vi trường và tiêu bản số: đếm nhân dương, xếp lớp bắt màu màng, đếm chấm tín hiệu lai tại chỗ. Nó thay công việc đếm thủ công, không thay việc đọc tiêu bản.

Dùng trong nội bộ Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh, cho mục đích nghiên cứu, đào tạo và cải thiện chất lượng. Kết quả phải được diễn giải cùng với nhận định của bác sĩ trên chính tiêu bản đó.

Miễn trừ trách nhiệm

Không dành cho mục đích lâm sàng, chẩn đoán hay điều trị. Đây không phải thiết bị y tế. Bộ công cụ chưa được cơ quan quản lý nào cấp phép, chưa đăng ký là thiết bị chẩn đoán in vitro, và chưa qua thẩm định lâm sàng trên đoàn hệ độc lập. (For research use only. Not for use in diagnostic procedures.)

Không thay thế ý kiến chuyên môn. Mọi con số ở đây chỉ để tham khảo. Bác sĩ giải phẫu bệnh đọc lại tiêu bản và chịu trách nhiệm về kết luận cuối cùng. Không dùng kết quả của công cụ làm căn cứ duy nhất cho chẩn đoán, phân nhóm hay quyết định điều trị.

Không bảo đảm về độ chính xác hay tính đầy đủ. Phần mềm cung cấp nguyên trạng. Tác giả không chịu trách nhiệm cho bất kỳ thiệt hại nào phát sinh từ việc sử dụng, kể cả khi kết quả sai.

Các ngưỡng được hiệu chuẩn trên tiêu bản của một labo cụ thể. Máy quét, quy trình nhuộm, độ dày lát cắt và tiêu điểm khác đi thì kết quả lệch. Trước khi dùng trên nguồn tiêu bản khác, phải hiệu chuẩn lại và đối chiếu với số đọc tay.

Công cụ còn đang được chỉnh. Ngưỡng và quy tắc đếm thay đổi theo từng lần hiệu chuẩn, nên hai phiên bản khác nhau có thể cho hai con số khác nhau trên cùng một tiêu bản. Khi ghi lại kết quả, ghi kèm ngày đếm.

Không nhập thông tin định danh người bệnh. Tên tệp, tên vi trường và tệp nhãn xuất ra đều có thể bị chia sẻ ngoài ý muốn; đặt tên theo mã nghiên cứu. Việc xử lý tiêu bản và dữ liệu bệnh nhân theo quy định của bệnh viện.

Về chúng tôi

Sản phẩm nội bộ của Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh (UMC). Xây dựng cho nhu cầu đếm trong khoa, không phát hành thương mại.

Các quy tắc đếm và mọi ngưỡng trong công cụ được khớp trên tiêu bản của khoa cùng số đọc tay của bác sĩ trong khoa: từng nhân được khoanh, từng chấm tín hiệu được đặt bằng tay, rồi máy được chỉnh cho khớp. Chi tiết từng lần hiệu chuẩn, kèm số liệu trước và sau, nằm trong nhật ký thay đổi của dự án.

Dữ liệu tiêu bản dùng để hiệu chuẩn và làm mẫu đã được bỏ nhãn, bỏ mã vạch và bỏ thông tin máy quét.

Những việc khoa và nhóm phát triển cam kết làm

Một dòng miễn trừ trách nhiệm không thay được quy trình. Đây là những việc đi kèm công cụ:

  • Bác sĩ kiểm lại trước khi dùng. Không con số nào của máy đi vào hồ sơ hay phiếu trả lời khi chưa được bác sĩ đối chiếu trên chính tiêu bản đó. Con số được báo cáo là con số của bác sĩ, không phải của máy.
  • Thẩm định nội bộ trước khi dùng thường quy cho từng dấu ấn. Với mỗi dấu ấn, khoa đối chiếu máy với đọc tay trên một số ca đủ nhiều, ghi lại mức chênh và mức đồng thuận, lưu hồ sơ trong khoa. Dấu ấn nào chưa có hồ sơ đó thì chỉ dùng để nghiên cứu và đào tạo.
  • Hiệu chuẩn lại khi điều kiện thay đổi. Đổi máy quét, đổi quy trình nhuộm, đổi kháng thể hay đổi độ dày lát cắt thì hiệu chuẩn lại và đối chiếu lại với đọc tay trước khi dùng tiếp.
  • Ghi nhật ký mọi thay đổi. Mỗi lần đổi ngưỡng đều ghi ngày, lý do và số đo trước sau. Kết quả lưu lại luôn kèm ngày đếm, vì hai phiên bản có thể cho hai con số.
  • Rà soát định kỳ. Đếm tay lại một mẫu chọn ngẫu nhiên theo định kỳ để phát hiện máy trôi khỏi mức đã hiệu chuẩn.
  • Tiếp nhận và xử lý báo lỗi. Bác sĩ báo ca máy đọc sai qua nút góp ý hoặc trực tiếp. Mỗi báo cáo được dựng lại và đo trước khi sửa, không sửa theo cảm tính; kết quả xử lý ghi vào nhật ký.
  • Nói rõ giới hạn đã biết. Những chỗ máy còn đọc sai được ghi lại công khai trong nhật ký thay đổi thay vì giấu đi, kèm số đo cho thấy sai bao nhiêu.
  • Không mở rộng phạm vi khi chưa thẩm định. Không dùng cho dấu ấn, loại mô hay nguồn tiêu bản chưa được hiệu chuẩn.
  • Dữ liệu ở lại trong máy. Không thêm bước tải tiêu bản hay ảnh lên máy chủ.

Điều khoản sử dụng

  • Miễn phí. Công cụ dựng trên mô hình, thư viện và y văn công bố mở, nên cũng được cung cấp miễn phí: đầu vào miễn phí thì đầu ra miễn phí.
  • Không phát tán. Không sao chép, đăng tải lại hay chia sẻ công cụ, mã nguồn, mô hình và dữ liệu mẫu ra ngoài khoa.
  • Không tạo sản phẩm phái sinh. Không sửa đổi, không tinh chỉnh lại mô hình, không dùng làm nền cho sản phẩm khác, dù thương mại hay không.
  • Muốn dùng thì liên hệ trước. Mọi việc sử dụng ngoài phạm vi nội bộ Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh cần có sự đồng ý bằng văn bản của tác giả.
  • Người dùng tự chịu trách nhiệm. Kết quả phải được bác sĩ giải phẫu bệnh kiểm lại trên tiêu bản. Mọi sai sót phát sinh do không kiểm tra thuộc trách nhiệm người sử dụng.

Các điều khoản trên áp cho phần do khoa làm ra. Thành phần của bên thứ ba giữ giấy phép riêng của chúng, và một số giấy phép đó rộng hơn: tệp nhãn ignite-pdl1.json theo CC BY-NC-SA 4.0 nên ai cũng được chia sẻ và chỉnh sửa tệp đó trong phạm vi phi thương mại, miễn ghi nguồn và giữ nguyên giấy phép. Xem mục dữ liệu và phần mềm bên thứ ba bên dưới.

Quyền riêng tư

Ảnh và tiêu bản không rời khỏi máy bạn. Mọi bước đọc ảnh, phân vùng nhân và đếm tín hiệu chạy trong trình duyệt; không có bước tải lên máy chủ. Số liệu của phiên làm việc được lưu trong trình duyệt của bạn.

Dữ liệu dùng để xây dựng công cụ

Mọi bộ dữ liệu bên ngoài dùng ở đây đều là bộ công bố mở, dùng đúng phạm vi giấy phép cho phép. Công cụ không phát hành thương mại, nên điều kiện phi thương mại của các giấy phép dưới đây được tôn trọng.

  • IGNITE data toolkit (Radboudumc, Zenodo 17735903), giấy phép CC BY-NC-SA 4.0. Dùng để huấn luyện mạng phân loại tế bào u / không phải u (cell-type.onnx) và làm nền cho lớp học nhãn. Tệp nhãn kèm theo công cụ (ignite-pdl1.json, 8.000 tế bào cân bằng) là dữ liệu dẫn xuất từ IGNITE nên giữ nguyên giấy phép CC BY-NC-SA 4.0, có ghi nguồn trong chính tệp và trên giao diện.
  • TIGER (Zenodo 6014422), giấy phép CC BY-NC 4.0. Chỉ dùng để đánh giá bộ nhận ống và ổ DCIS, không huấn luyện, không phát hành kèm công cụ.
  • BCSS (Amgad và cs. 2019), giấy phép CC0, vẽ vùng theo pixel trên lát H&E của TCGA-BRCA. Chỉ dùng để đánh giá, không phát hành kèm công cụ.
  • Mô hình StarDist 2D_versatile_he, giấy phép BSD. Dùng lại nguyên trạng, không huấn luyện lại, không tinh chỉnh.
  • Tiêu bản của Khoa Giải phẫu bệnh UMC. Dùng để hiệu chuẩn ngưỡng và làm tiêu bản mẫu. Đã bỏ nhãn, mã vạch và thông tin máy quét. Việc sử dụng theo quy định nội bộ của bệnh viện về dữ liệu người bệnh.

Không dùng bộ dữ liệu nào có điều kiện cấm sử dụng như trên, và không dùng trọng số của sản phẩm thương mại nào.

Phần mềm bên thứ ba

  • StarDist, mô hình phân vùng nhân 2D_versatile_he, dùng lại nguyên trạng, giấy phép BSD.
  • ONNX Runtime Web 1.20.1 (Microsoft), giấy phép MIT, dùng để chạy mô hình trong trình duyệt.
  • geotiff.js 3.0.5, giấy phép MIT, dùng để đọc tệp .svs và TIFF kim tự tháp.
  • QuPath dùng làm chuẩn đối chiếu khi kiểm phân vùng nhân, không nằm trong công cụ.

Tài liệu tham khảo

Hướng dẫn chẩn đoán

  • Wolff AC và cs. Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 Testing in Breast Cancer: ASCO/CAP Clinical Practice Guideline Focused Update. J Clin Oncol 2018 — nhóm 1–5 của lai tại chỗ hai đầu dò, quy tắc nhóm 2–4 cần đối chiếu hoá mô miễn dịch và người đọc thứ hai. ascopubs.org
  • College of American Pathologists. HER2 breast update algorithms, 2023 — sơ đồ quyết định. documents.cap.org
  • Ventana INFORM HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail, Interpretation Guide (hồ sơ FDA P100027) — quy ước đếm chấm dính, cụm và doublet. accessdata.fda.gov
  • Nitta H và cs. 2008 — mô tả phương pháp lai tại chỗ hai màu sáng trường, tương hợp với FISH 98,9 %. PMC2577627

Đếm tự động Dual-ISH

  • Nghiên cứu CHERISH, Virchows Archiv 2024 (HALO ISH, Indica Labs), 80 ca — lọc cỡ nhân 30–150 µm², cần ≥ 469 tế bào để sai số tỉ số dưới 0,1 và ≥ 953 tế bào cho số bản sao. PMC11950096
  • Gough A và cs. Histopathology 2023 — thuật toán nâng độ đồng thuận giữa người đọc từ kappa 0,471 lên 0,666. PubMed 37366040
  • Roche uPath HER2 Dual ISH — đếm trong vùng u sống do bác sĩ khoanh, bác sĩ xác nhận. diagnostics.roche.com
  • SISH với StarDist và xử lý ảnh, 2024 — nhân cần ≥ 2 chấm CEP17, tối thiểu 20 nhân mỗi ảnh. PMC11623010
  • FISH với YOLOv3 và ResNet18, Scientific Reports 2023 — đánh giá thấp khi có cụm tín hiệu. PMC10275857
  • HER2-SISH phân vùng bằng Vision Transformer, 2024. PMC11593209
  • DISH bằng học sâu nhẹ, medRxiv 2025. medRxiv

Phân vùng và tách nhân

  • Schmidt U, Weigert M, Broaddus C, Myers G. Cell Detection with Star-Convex Polygons. MICCAI 2018 — mô hình StarDist dùng trong công cụ.
  • StarDist cho mô bệnh học nhuộm H&E, IEEE 2022. ieeexplore.ieee.org
  • Graham S và cs. HoVer-Net. Medical Image Analysis 2019 — hướng tách nhân chồng bằng mô hình theo tâm và dòng chảy. sciencedirect.com
  • Bankhead P và cs. QuPath: Open source software for digital pathology image analysis. Scientific Reports 2017 — dùng làm chuẩn đối chiếu.
  • Koyuncu CF và cs. 2016, h-minima lặp. onlinelibrary.wiley.com
  • Tách nhân chồng theo điểm lõm của đường viền. academia.edu
  • Biến đổi khoảng cách lặp, EURASIP Journal on Image and Video Processing 2020. springeropen.com
  • Tổng quan phân vùng nhân bằng học sâu, Medical Image Analysis 2024. sciencedirect.com

Vùng u xâm lấn

  • Tách vùng xâm lấn trên tiêu bản số, 2024. PMC10778369

Trích dẫn công cụ này

Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Bộ công cụ hỗ trợ đếm giải phẫu bệnh (phần mềm nội bộ), 2026. tool-gpb-umc.pages.dev

© 2026 Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Bảo lưu mọi quyền.

Chỉ phục vụ mục đích tham khảo, không dùng cho chẩn đoán. Bác sĩ xác nhận trước khi kết luận. © 2026 Khoa Giải phẫu bệnh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh.